Чернігівська філія МАУП була створена 22 вересня 1998 р. рішенням Адміністративної ради Міжрегіональної Академії управління персоналом.
24 вересня 2001 р. рішенням Загальних зборів акціонерів назва “Чернігівська філія МАУП” була змінена на “Чернігівський інститут МАУП”.
2005 р. рішенням Президії МАУП, за проханням колективу інституту присвоєна назва “Чернігівський інститут МАУП імені Героїв Крут”. Так була вшанована пам’ять героїв, які віддали своє життя за незалежність України.
З 07 серпня 2008 р. року директором Чернігівського інституту призначений Мурашко Микола Іванович, кандидат економічних наук, доцент.
Освітня діяльність Чернігівського інституту проводиться на підставі ліцензії Міністерства освіти і науки України – серія АЕ, № 458585 від 28 липня 2014 p. Згідно з нею заклад має право на підготовку фахівців за освітньо-кваліфікаційними рівнями бакалавр, спеціаліст в чотирьох галузях знань: економіка і підприємництво, менеджмент і адміністрування, право